本应打倒12个影子，结束战斗的理等特别课外活动部发现，在他们面前出现的转校生绫时的真实身份，实际上是被宣告灭亡的第13个影子“death”。至今为止的战斗只是为了唤醒死亡而绝望的道理。绫时会消除战斗的记忆，平稳地迎接最后的时刻，还是在知道一切的情况下就灭亡呢?绫时给了他们这样一个选择。

———— 身長差15メートルの恋未知の生命体・ガウナに地球を破壊され、かろうじて生き残った人類は巨大な宇宙船「シドニア」で旅を続けていたが、100年ぶりにガウナが現れた。再び 滅亡の危機に襲われ...