距离鸣人跟随自来也离开村子外出修行已经过去了两年半。时光流逝，修行归来的鸣人与已经成长了的伙伴们再次重逢，并继续朝着“成为火影”的目标而努力着。与此同时，曾经计划捕获九尾妖狐的忍者组织“晓”，也在长时间的沉默后终于开始行动，将目标指向了拥有“尾兽”的忍者村。鸣人与“晓”，双方之间的冲突一触即发。自《火影忍者疾风传》播出的时点起，已共有8部火影忍者剧场版上映。加上《火影忍者》第一期时上映的3部剧场版，合计11部。

随着和平的到来而走向近代化的木叶隐村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖、第七代火影·漩涡鸣人的儿子博人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待博人，但博人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！博人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡博人”的物语，现在开始！！

幽灵军团的黄泉（中村秀利 配音）通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三 配音），希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具